在这个读图的时代,凡是能用一张图片描述清楚的问题都不是问题,如果不够,那就两张~
比如这段:“姑娘相貌娇美,肤色白腻, 她身穿一件靛青织锦的上衣,颜色甚是鲜艳,但在她容光映照之下,再灿烂的锦缎也已显得黯然无光……”
用图片说就是:
是不是既简单又粗暴?
同样的,一张好的Figure胜过千言万语,整洁美观的Figure不仅能大幅提高审稿人的好感度,还能显着性提高论文接收率!
下面,就让小王给大家带来论文写作中最实用的干货:论文中常见Figure的类型及Figure中需要体现的信息要点上篇:统计图和照片。
干货的分割线
1
各类统计图
统计图是最常见的Figure形式,利用柱的高低、曲线的走向代替枯燥的数字,提供了直观的比较:
某基因在组织中的分布,结果一目了然
统计图种类较多,其中柱状图(column)最为常用。以柱状图为例,表达信息完整的统计图应包括:
①图片编号(panel label):Figure中不同的内容应使用大写字母的 A, B, C, D…标注一级编号,也有杂志要求用小写字母作为一级编号,具体应参考投稿指南(author guidelines)。
注意:一张Figure上的A, B, C, D的内容要整合在一个图片文件中。
②图片标题(title):子图片较多时,可对其添加标题。此方式比二级编号更加直观:
③&④纵轴(Y axis):纵轴的内容,一般为数字,注意在括号内标注单位。
⑤横轴(X axis):内容是分组情况时应写清组名,尽量不用代号(如“Group A”)表示;内容是数字(时间等)时,应注意标注单位。
⑥&⑦柱(column)&误差棒(error bar):柱状图的主体,表示平均值(mean)和标准差(SD)或标准误(SEM)。
通常来说,选择SEM会让误差“看起来更小”,但一定要在正文及图注中说明。
注意:越来越多的杂志开始要求提供点图(dot plot)以反映数据的原始情况:
因此,一定要注意保留原始数据,切忌只保留统计结果。
⑧统计符号(significance):表示柱之间的统计学差异,一般来说 */**/***分别代表P<0.05/P<0.01/P<0.001。除星号*外,常用的还有#、△等。<>
⑨图例(symbol):对不同样式(pattern)的柱子进行说明,分组涉及多个参数时使用,若分组简单,可直接在横轴上标注组名。
除柱状图外,常见的统计图还包括XY散点图(X,Y scatterplot)、线图(contingency)、生存曲线(survival)、流式图(flow cytometry)等,科学期刊对此类Figure要求最严,每种类型的统计图都有非常多需要注意的细节。
麦医哲将陆续推出专题,讲解Figure制作中常见的错误,欢迎大家订阅并持续关注我们的公众号。
2
照片
照片是Figure中最诚实的一种,与艺术摄影不同,科学文章中的照片对艺术性要求不高,但十分要求科学性和严谨性:
照片主体是肿瘤组织,背景应选用与其反差较大的绿色,突出肿瘤边缘。肿瘤下方应放置米尺(红色箭头),做标尺用,辅助说明肿瘤体积。
照片应遵照真实性原则,可以适当调整整体亮度、对比度等,但不能对局部进行PS调整。同时,可以用箭头指示病变部位。
X-ray、CT、PET-CT、MRI等造影照片是照片的另一大种类。有条件的情况下,此类照片最好保留电子版图片。如果只有胶片资料,则应尽量使用专业扫描仪提取电子相片。若条件不允许,也应摆正角度,使用高分辨率的数码相机记录:
上图展示了一种较差的记录情况,这种情况只能寻找专业图像修复服务进行修复,费时费力,不推荐。(打个广告:那么,哪里才能找到专业的图像修复服务呢?哈哈哈哈~)
3
组织切片染色图
组织切片染色图是医学SCI论文中最有含金量的Figure,许多病理切片都是诊断疾病的金标准。
这类Figure通过不同的化学试剂+抗体的组合,可以定性反映微观结构的改变,蛋白表达的分布等等:
以最常见的H&E染色为例:
①注意添加比例尺(上图红色箭头),比例尺能够说明微观结构的尺寸及放大倍数,是重要参数。
②拍照时,注意调节曝光度,曝光度过低会让画面整体灰暗,曝光过度则可能损失图片重要细节,且后期很难用软件矫正;
③调节饱和度,饱和度代表画面的“鲜艳”程度。色彩心理学认为,适中的饱和度让人感到柔和,饱和度过高会让人紧张,过低则会十分压抑;
④调节白平衡,尽量保证空白区域为纯白色,未矫正白平衡的照片会整体偏蓝或偏黄。(下图为白平衡调节范例)
⑤在图片的外围标记编号(A,B,C,D等)或小标题(如分组信息),很多杂志不允许把编号或标题写在图片上。
⑥可以在图中使用箭头、三角等标识指出图片的重点内容,并在legend中说明。
免疫组化染色比H&E染色的图片更具特异性,最好在图片中使用箭头或三角标记出阳性染色。
注意:有的杂志会要求提供不添加一抗或二抗的阴性对照,一定要在实验中设立该对照,这也是实验严谨性的代表。
另外,有时我们需要用半定量的方法统计免疫组化染色阳性率,关于这部分的方法与技巧,麦医哲会在今后陆续推送。
如上图,免疫荧光染色是切片染色图最“炫”的一类,通常会展示同一视野下多种分子的表达情况,并在最后展示合并(Merge)后的图片。
此类图片要注意标记每种颜色代表的分子,除上图的标记方法外,也可以使用下图这种直观的彩色标记:
4
条带图
条带分析图常见于分子生物学实验,包括以Western Blot为代表的“东南西北”Blot、半定量PCR、SDS page、免疫共沉淀等:
非常漂亮的荧光标记WB
条带图上的重要的信息包括:条带代表的分子名称、条带分子量、分组情况等:
如上图,条带左侧标记了分子名称;右侧标记了蛋白分子大小(建议标注单位kDa);下方用划横线的方式将若干条带分组;上方用相对亮度对条带进行了半定量,可以选择性使用。
建议使用上图的方式,在条带周围加上黑色线框,看起来更加整齐美观,同时削弱条带不整齐的视觉效果。
将不同条带裁剪组合在一张图上时,要注意保留条带上下一定的空白区域,如有杂带也应如实保留,否则可能遭到质疑:
如实保留杂带
注意:
①可以在不损失细节的情况下调整条带整体的亮度、对比度,但绝不能对条带局部进行调整甚至涂改,也不能从中间挖去某个条带。
②不能出现一图多用的情况,尤其注意不要重复使用同一张内参的条带图,也不要对条带进行简单的水平或垂直翻转就再次使用,一般editor和reviewer对这一点非常敏感,涉及科研诚信,不能马虎。
5
示意图
当数据不够直观或无法用肉眼观测时,我们需要示意图的帮助:
基因位点,使用Illustrator或Photoshop制作:
蛋白结构,使用Pymol等软件制作:
分子机制示意图:
文/MEDimage,麦医哲医学插图致力于为生物医学领域期刊论文发表提供高质量配图,完成从原始数据到标准化Figure的华丽转身。(微信号:MEDimage)
来源:麦医哲医学插图(微信号: MEDimage)
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