企业级基因数据云计算平台GeneDock（聚道科技）与中国疾病预防控制中心（中国 CDC）传染病预防控制所合作开发的微生物数据分析云平台（以下称 “云平台项目”）已于今日正式上线开放。
云平台项目由中国疾控中心传染病预防控制所发起，主要是为了提升传染病领域大数据的利用效率，实现高通量测序技术在病原菌检测和监测工作中的标准化应用，让非专业人员也可以快速、准确、方便地开展生物信息分析，鉴定样本微生物的组成和基因组特征，并尽快开展后续的深入研究和信息挖掘。
“传染病防控领域与人类健康息息相关，对数据利用的时效有较高的要求，同时需要不同城市的部门和实验室之间实现数据共享和交互，以及标准化的数据分析流程，云计算为打通这些环节提供了可能性。” 传染病预防控制所项目负责人张雯说，“我们希望可以通过微生物分析平台的建设，促进国内疾控数据的交互，推动高通量测序技术在国内病原菌检测和监测工作中的有效利用。”
首期云平台项目发布了 6 个不同的生物信息分析流程，可实现 NGS 数据的质量控制、基因预测、进化分析、蛋白注释等功能。平台的 web 前端目前可支持至少 100 位用户同时并行操作，80 个分析作业的并行进行。弹性的平台设计支持未来对计算和存储资源的无限扩展。
值得关注的是，云平台项目开发过程中出现了一些预料之外的状况：例如，传统的数据存储和云平台存储方式具有较大差异；由于疾控领域信息的敏感性，对数据安全和用户账户权限的严格分级控制都具有很高的要求；实验室过去编写和部署流程没有比较统一的标准和环境等。针对这些问题，双方最终确定了如下系统架构：
“平台主要向 CDC 系统的各级科研和卫生防疫人员提供可视化的微生物数据分析流程。我们已经合作将微生物领域所需的基因数据分析流程迁移到平台上，包括传染病预防控制所专家们自主研发的最新算法和分析流程。GeneDock 的基因数据云服务在底层全面支撑这些重要业务。” GeneDock 首席技术官王乐珩说。
另据介绍，GeneDock 团队在云平台项目中应用的关键数据技术，包括在安全方面，平台在数据传输和存储过程中全面应用了数字签名、金融级加密等工业级技术；新设计的企业级母子账户权限系统，满足科研用户对珍贵基因数据的控制和分享需求；在数据传输方面，GeneDock 独有的基因数据压缩算法和传输系统，提高数据传输的效率；另外，GeneDock 提供了分析流程配置工具，方便生物信息学家研发新的分析流程。
来源：36氪 作者：刘涌
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