赛默飞Ion S5首批数据公布，玩爆前任PGM™系列_医疗器械

2015

11/06

09:17

生物探索医疗器械

赛默飞发布了两款最新的NGS系统Ion S5 和Ion S5XL，旨在提供更加简捷的靶向测序流程。10月29日Ion S5测序仪的首批实验数据产生于阜外医院。阜外医院研究人员选用了主动脉基因疾病组合测序，该基因组合包括15个与主动脉疾病相关的致病疾病，研究人员通过文库构建——模板制备——上机测序三个大步骤最后得出了Ion S5的首批数据。

Ion S5以5“S”为主要特性：Simple-最简捷的靶向测序流程，Scalability- 灵活的通量选择，Speed-最快的测序速度，Small Sample Input-微量样本输入，Streamlined Data Analysis-流畅的数据分析流程。那么Ion S5真实实验数据如何，研究人员将此批数据与Ion Torrent PGM数据做了比对，结果如下表所示：

该表格最显眼的就是测序时间、总数据量、平均深度以及总读数。

（1）测序时间Ion S5的第三个“S”为 Speed—最快的测序速度，实验数据显示IonS5的测序时间为2.5小时，比Ion Torrent PGM系统所需时间明显少2小时。

（2）总数据量。

与Ion Torrent PGM不同，IonS5总数据量以G为单位，总数据量为1.15G，为Ion Torrent PGM总数据量的1.4倍左右。

（3）平均深度。

测序的错误率和假阳性结果与测序深度息息相关，随测序深度的提升而下降。IonS5系统平均深度为449，比Ion Torrent PGM高出128，由此可见IonS5系统测序错误率和假阳性结果均低于Ion Torrent PGM。

（4）总读数。

由比对数据可知，IonS5系统总读长为5995559个 Reads，比Ion Torrent PGM多出472592个Reads。

（5）信号值、均一性、平均变异位点数目等。

无论在信号值、均一性还是平均变异位点数目，IonS5系统均优于Ion Torrent PGM系统。

研究人员还对该系统文库扩增效果进行了比对。本次试验中研究人员采用Ion ChefTM 仪器进行自动化测序模板的制备，试剂采用Ion 520TM & 530TM Chef试剂盒，芯片类型是Ion 520（与318芯片通量一致），起始文库使用量为60pM/25μL。经过与Ion Torrent PGM系统比对，研究人员发现Ion Chef在文库制备操作上更简单，针对长片段扩增效率更高。

最终，阜外医院对IonS5系统的首批数据下了三个结论：。

1. Ion Chef在文库制备操作上更简单，针对长片段扩增效率更高。

2. Ion S5测序速度和分析速度均比PGM快。

3. Ion S5数据的整体质量优于PGM。

来源：生物探索

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