距“NgAgo研究事件”六年后,韩春雨再次以研究学者的身份发表了论文。
新研究论文关于什么
近日,河北科技大学韩春雨团队在Oxford academic旗下期刊Nucleic Acids Research(《核酸研究》,IF=16.971)上发表了一篇名为《A Cas6-based RNA tracking platform functioning in a fluorescence-activation mode 》的研究论文,该篇论文共有5名作者,作者包括河北科技大学的韩春雨、高峰、郑科,以及主要负责荧光原位杂交技术的河北大学基础医学院的Li You Bo,其中,第一作者是韩春雨的硕士研究生高峰,通讯作者是河北科技大学副教授韩春雨。
事实上,这篇论文的核心内容早在2019年7月就已在预印本bioRxiv上线,现在是经过同行评议后的正式发表。
研究论文在概要中介绍:“RNA在细胞中的定位与其功能密切相关,因此,开发用于追踪RNA在活细胞中分布的技术极大地推进了RNA生物学的研究。最近,荧光蛋白标记的Cas9和Cas13在活细胞RNA追踪中的创新应用进一步丰富了这一领域的研究工具箱。然而,Cas9和Cas13平台以及广泛使用的MS2-MCP技术未能解决高背景噪声的问题。其中,Cas6是I-E型CRISPR复合体的核心组件,它通过识别具有Cas6结合位点的茎环RNA实现结合并切割pre-crRNA。pre-crRNA的Cas6结合位点与Cas6结合后可诱导Cas6的构象改变,导致其N端和C端并列。
利用上述特性,韩春雨团队设计了一个基于Cas6的开关平台,用于在体内检测和追踪目标RNA。将split-Venus片段与来自大肠杆菌的内切核酸酶活性丧失的Cas6(dEcCas6)的N端(Venus-N,VN)和C端(Venus-C,VC)结合,结合的嵌合体VN-dEcCas6-VC与目的RNA结合时才会产生荧光。由于其荧光互补是由Cas6的变构开关介导的,因此韩春雨团队将其命名为基于Cas6的荧光互补平台(Cas6FC)。在活细胞中,Cas6FC可以几乎没有背景噪声的检测目标RNA,此外,只要在感兴趣的RNA中标记一个长为29nt的CBS副本,就能够打开Cas6FC荧光,这大大降低了目标RNA构象和定位的潜在改变的可能性。
总体而言,韩春雨团队开发了一种新的基于Cas6的RNA荧光追踪平台,其具有更高的灵敏度和特异性。
据了解,目前学界对于荧光示踪活细胞RNA有两种方法,即荧光富集(FE)型和荧光激活(FA)型,援引《中国科学报》对韩春雨的采访称,前述两种方法具有一定的局限性,富集型存在背景高、分子量巨大等问题,而激活型例如基于MCP-PCP的荧光互补激发RNA示踪工具则需要在靶RNA上连接非常长的“反应原件”附加片段,附加片段甚至远远大于想要看到的靶RNA本身,因此增加了产生假相的可能。
韩春雨对《中国科学报》表示,由此,其团队一直在尝试开发更好用的RNA示踪技术,鉴于现有的一些“CRISPR/Cas6蛋白与RNA上的Cas6结合位点(CBS)相互作用”的相关研究,韩春雨团队注意到Cas6结合CBS可能产生结构变化这一特点,设计出“点亮”荧光蛋白的RNA示踪工具。具体来说,Cas6与split-Venus片段(被一分为二的荧光蛋白)构建成一个新的嵌合体示踪蛋白,这个蛋白平时不会发光,只有与目标RNA结合时才会发出荧光。简单地说,利用这一平台,只需要在感兴趣的RNA上标记上一个反应原件,就能“打开”Cas6FC荧光开关,从而“点亮”RNA。“在活细胞中,Cas6FC可以检测目标RNA而几乎没有背景噪声。” 韩春雨说道。
对于此次研究的重复性问题,韩春雨表示没有问题,并称“已经有一些比我们还小的实验室在和我们合作,有一些反馈,这个工具是可以直接拿去用的,并且是好用的。”
同时,韩春雨也直言“由于人员、经费和设备的限制,论文还是重在机理、原理,一些实操性的实验还没有做完整”。
此外,韩春雨对《中国科学报》透露,他们正在开展Ago有关的科研工作,近期会发表一些研究成果。
六年前曾深陷“学术造假”漩涡
2016年5月,《自然—生物技术》发表韩春雨团队研究成果,他们发明了新的基因编辑技术NgAgo-gDNA,该研究成果被媒体称为“三无”教授的“诺奖级”发现,此后半年,韩春雨个人及其所在大学陆续获得各类名誉和大量经费资助。
2016年5月20日,原清华大学著名结构生物学教授颜宁在微博上首先提出论文结果可重复性的问题,此后,国内外多名基因编辑领域科学家实名发声称实验结果难以重复,怀疑实验结果的真实性。
2017年8月,《自然—生物技术》发表题为《是该数据说话的时候了》社论,宣布撤回韩春雨团队于2016年5月2日发表在该期刊的论文。
2018年9月,河北科技大学发布公告,韩春雨团队不存在主观造假。但依据有关规定,取消韩春雨所获得的荣誉称号,终止韩春雨团队承担的科研项目并收回科研经费。
韩春雨团队对此回应称,实验设计存在缺陷、研究过程存在着不严谨的问题。
在此次《中国科学报》的采访中,质疑其当年如何得到“没有主观造假”的调查结果,韩春雨表示“不再解释”。“学校考虑到涉及学术,放在公众面前可能反而会引起一些误解,让我不要再去说了。”
来源:医谷网
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