黑马10X Genomics：新产品优势明显，引来法律纠纷

2015年基因组生物技术大会上，10X Genomics公司正式发布了GemCode文库制备平台，并公布了相关技术信息。

GemCode体积与台式PCR仪大小相似。该仪器及配套试剂的售价是7万5千美金，预计第一批仪器将在第二季度正式发售。每个样本的反应试剂费用将达到500美元。GemCode可以能较好的处理基因组中短序列片段进行文库制备，从而获得长达100Kb的基因序列，可以直接用于Illumina的测序仪进行下一步测序。该公司宣称是Illumina技术的重要补充，可以扩大NGS的应用，进而利于Illumina的测序市场。

该公司将推出16样装的凝胶磁珠及文库反应液试剂盒、48样装的芯片及配套反应液试剂盒。单个芯片一次可处理8个DNA样本，在5分钟内即可完成DNA片段化和试剂准备；DNA片段添加barcode，扩增得到标准的测序文库，用于接下来的测序。该公司创造了一种新的基因数据类型“linked reads”，指的是带有barcode的一个个像串珠一样相互连接的reads。测序完成后，带有相同barcode的序列可以通过算法构建更长的DNA片段。

应用广泛这项技术的应用之一就是用于人类全基因组和外显子组的分析。10X Genomics采用了大量的标准参考样本作为模拟数据，如HapMap样本NA12878，做了相应的模拟分析。Hindson报告说：在基因组研究中，N50达到以Mb计，SNPs分析和基因分析需求也很多。

该技术也可应用于人类基因组复杂HLA区域分析，公司得到的分析结果与NA12878已知的分期结果完全一致。研究者们通过这项技术在NA12878中也找到许多结构变异，包括5个大范围的缺失突变，并且发现之前用短读长测序数据分析得到的3个大范围的缺失突变可能是假阳性。在癌症基因组中，该技术可用于查找融合基因。例如，可用于在一个肺癌细胞系中找出EML4/ALK融合，并且可以发现部分ALK基因整合了到另外的染色体上。

10X Genomics总裁、创始人之一，首席安全官Ben Hindson将他们的技术称之为“高效生成barcode标记的DNA片段”的方法。Hindson表示，整个过程是一个循环反应，“避免了像其他扩增过程带来的人为因素干扰”。

数据分析方面，10X Genomics将标准比对、变异查找、结构变异查找、可视化工具如单体型分析基因组浏览器等结合在一起。Hindson表示软件环境是开放的，并鼓励大家开发应用。

早期使用者报告一些早期使用者在AGBT大会上展示了利用GemCode得到的早期结果

来自斯坦福大学医学院的Hanlee Ji介绍了大肠腺癌样本基因组的测序和分类研究。他得到大于11Mb的单体型，N50达到1.2M，并且发现“一些用传统短序列测序手段可能会遗漏的、具有重要临床意义的体细胞遗传变异”。

美国哈佛-麻省理工博德研究所的David Jaffe在会上介绍了10X Genomics公司的技术，使用拆分组装的DISCOVAR算法完成癌症基因组的从头组装。单条长度大于100kb的序列能帮助他们根据组装图谱来跟踪路径，从而发现用其他方法检测不到的体细胞突变。

同样的，来自于哈佛丹娜法伯癌症研究院的Levi Garraway在AGBT的报告中提到使用10X Genomics技术协助他完成癌症基因组复杂重组。

知识产权纠纷将至正当10X Genomics公司完成5550万美元的B轮融资，紧锣密鼓地准备将GemCode投入商业化应用时，RainDance Technologies和Bio-Rad Laboratories两家公司分别以侵犯知识产权为由对10X Genomics提起诉讼。

上月，RainDanc公司向美国特拉华州地方法院提起诉讼，指控10X Genomic侵犯该公司6项专利，称这6项专利此前是芝加哥大学独家授权给RainDance的。

去年9月22日，Bio-Rad公司向美国加利福利亚州康特拉科斯塔县高级法院提交诉讼，Bio-Rad称10X Genomics公司在专利申请书中描述的专利归Bio-Rad公司所有，并指控10X Genomics高层盗取Bio-Rad商业秘密。

Bio-Rad公司指出，10X Genomics违反了他们的就业条款和非竞争协议，这部分内容是Bio-Rad公司在收购QuantaLife时达成的协议，而10X Genomics的三位共同创始人--担任CEO的Serge Saxonov，担任CSO和总裁的Ben Hindson，担任CTO的Kevin Ness，之前都是QuantaLife的员工。Bio-Rad公司在起诉书中指控，某些10X Genomics技术至少是基于部分Bio-Rad机密信息开发的，10X Genomics涉嫌泄露专利信息和盗用商业机密。

面对上述指控，10X Genomics首席执行官Saxonov表示“我们坚信该公司的指控没有任何价值”。

来源：测序中国