One Codex：上传速度比BLAST工具快3000倍欲为基因组搜索领域的Google_医疗器械

2015

05/15

09:32

生物医学互助平台

作者：罗小嗖

医疗器械

One Codex是一家2014年3月才成立的新公司，它是一个基因组搜索引擎。OneCodex公司充当了索引参照平台的作用。目前其仍处于开放测试阶段，用户能够对数据库中的数万种细菌、病毒以及真菌数据进行搜索，以每秒钟过滤数百万个DNA碱基对的速度，帮助用户在短时间内找到自己想要的数据。

目前，用于基因组搜索的最常用工具是一种名为“BLAST”的算法，即“基本局部比对搜索工具”（Basic Local Alignment Search Tool）的英文首字母缩写形式，这种算法可以对主要的生物排序信息进行比对。通常情况下，将一份文件上传至BLAST需要花费2分30秒。然而，使用One Codex上传同样大小的数据，花费的时间还不到20分之一秒，也就是说，它的上传速度比BLAST工具快了3000倍。

One Codex的创始人Nick Greenfield是位数据科学家，同时还拥有斯坦福大学的国际关系硕士学位，曾作为数据分析师就职于Cardpool.com公司。另一位重要的联合创始人Nik Krumm则是华盛顿大学遗传学的博士。2014年7月One Codex获得了着名创业孵化器Y Combinator的12万美元的种子资金支持。

Nick Greenfield如是阐述他们公司的服务：“如果你想测定肺结核，我们提供的服务是让医生采样，对样品进行基因测序，将生物学信息转变成数据信息，然后对照所有病原体用尽一切资源搜索数据。最后，他们就能够告诉你，你是否患有肺结核、肺结核的类型以及这种肺结核是否具有抗性。”六年前，人类基因组排序的费用高达1000万美元，而现在这项费用大概只需要1200美元。虽然One Codex这一搜索平台并不像Google搜索平台那样针对个人并且使用率极高，但这一平台的出现不仅节约检测时间而且节约了大笔费用。

One Codex还在积极开拓公共健康和食物安全市场，因为像食品与药品管理局这样的美国政府机构每年都会对食物病原体进行大概5亿次检测，而这种检测如今正被转变为基于基因组学的检测。

OneCodex公司的医疗人员已经对超过10万个基因组进行排序，并且生成了PB级数据。目前，OneCodex公司的数据库中有超过3万组细菌、真菌以及病毒数据，并且这一数据还在不断增长。

来源：生物医学互助平台作者：罗小嗖

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