首个遗传性骨骼疾病基因数据库由温医大唐少华课题组建立_医疗健康

2016

09/05

17:34

转化医学网医疗健康

日前，温州医科大学定理临床学院（温州市中心医院）唐少华教授课题组，在前期工作的基础上开发建立了遗传性骨骼疾病基因数据库SkeletonGenetics。该项研究是国际上首个关于遗传性骨骼疾病相关基因的多功能整合数据库。研究成果已于2016年9月发表在国际期刊《Database: The Journal of Biological Databases and Curation》上。

骨骼系统在肌肉附着、人体运动、保护重要器官和保持血管系统稳态方面起到至关重要的作用。任何扰乱骨骼、软骨和关节的发育的基因发生变异都是导致骨骼发育不良，其是出生缺陷患儿中较常见的类型，人群总发病率大约1/1500。遗传性骨骼疾病占骨骼系统疾病的大部分，主要是指具有遗传倾向且有基因确诊的类型。对于严重的骨骼疾病患者来说，存活率不超过一年，大部分均会严重影响患者的生活质量。2010版骨骼疾病分类系统中，有一半的遗传性骨骼疾病的致病分子机制尚未完全弄清楚。随着高通量测序技术的快速发展，大大加快了遗传性骨骼疾病相关致病基因的鉴定发现。但是，目前这些相关基因信息散落在不同的文献之中，缺乏有效手段对这些信息进行可持续的整合、系统分析和维护更新。SkeletonGenetics数据库目前收录了357个骨骼发育障碍相关基因（编码基因和非编码基因），8225条突变信息（5884点突变、516个插入突变、1427个缺失突变）分布在42大类、481种骨骼疾病或相关综合征中（共2260种临床表型）。对于数据库中收录的每个基因和突变，用户可以获得相关的基本信息、基因表达、突变水平、生物通路、蛋白质相互作用和基因-疾病-疾病相互关系等多方面的注释信息。该数据库界面友好，提供了基因名称检索、基因位点检索、染色体检索和表型信息检索等多种方式，为了更方便浏览数据，我们建立了可视化工具来图形化基因信息。用户可以通过在线的帮助文档和下载模块快速了解和获取数据库信息。此外，用户还可以对这个数据库进行相关信息挖掘，比如从突变水平看是否存在已知的突变位点，从通路信息看是否参与重要的信号通路来确定某基因是否和遗传性骨骼疾病有关联。对于新基因，如果研究者仅有序列信息，可以通过数据库提供的上传功能，为SkeletonGenetics提供更新信息。SkeletonGenetics将持续更新，并计划后续整合更多类型的组学数据，期望能逐步发展成为遗传性骨骼疾病基础研究和转化研究的信息知识库。SkeletonGenetics数据库相关链接http://101.200.211.232/skeletongenetics/

完成该项工作的主要人员是温州医科大学定理临床学院（温州市中心医院）的陈冲技术员、基因组医学研究院的研究生姜毅。该项研究获得了浙江省自然科学基金、温州市科技计划和省部共建等多项目的资助。

参考文献

Chong Chen, Yi Jiang, Chenyang Xu, Xinting Liu, Lin Hu, Yanbao Xiang, Qingshuang Chen, Denghui Chen, Huanzheng Li, Xueqin Xu and Shaohua Tang. SkeletonGenetics: a comprehensive database for genes and mutations related to genetic skeletal disorders. Database, 2016, 1–8. doi: 10.1093/database/baw127

来源：转化医学网

（原标题：温医大定理学院教授完成国际上首个遗传性骨骼疾病基因数据库）

标签